Tại mùa giải năm nay, Sông Lam Nghệ An gặp nhiều khó khăn tại V.League và chỉ chính thức trụ hạng sau chiến thắng trước Hoàng Anh Gia Lai ở vòng áp chót. Tuy nhiên, tại Cúp Quốc gia, thầy trò HLV Phan Như Thuật đã thi đấu đầy nỗ lực.
Tuy nhiên, tại Cúp Quốc gia 2024/25, đội bóng của huấn luyện viên Phan Như Thuật đã thi đấu khá thành công, khi trong trận đấu mở màn ở vòng 1/8 đã vượt qua SHB Đà Nẵng.
Đội bóng xứ Nghệ vượt qua SHB Đà Nẵng ở vòng 1/8, sau đó đánh bại Đồng Tháp với tỷ số 2-1 tại Tứ kết. Ở Bán kết, Sông Lam Nghệ An thắng Bình Dương 3-2 trong trận đấu giàu cảm xúc, giành vé vào chung kết.

Tuy nhiên, trước đối thủ vượt trội về lực lượng và phong độ, Sông Lam Nghệ An đã để thua đậm 0-5 trước Công an Hà Nội trong trận chung kết, khép lại hành trình tại Cúp Quốc gia 2024/25 với tấm Huy chương Bạc.

Tại buổi lễ trao giải, lãnh đạo Liên đoàn Bóng đá Việt Nam, VPF và tỉnh Nghệ An đã trao Huy chương Bạc cho các cầu thủ, Ban Huấn luyện và thành viên CLB Sông Lam Nghệ An.
Dù chưa thể bước lên bục cao nhất, đây vẫn là thành tích đáng khích lệ với một đội bóng có tiềm lực hạn chế như Sông Lam Nghệ An, tạo động lực để đội bóng xứ Nghệ tiếp tục vươn lên trong những mùa giải tiếp theo.